为提高新疆艾滋病临床诊疗水平和能力建设，促进新疆艾滋病医疗救治工作的全面开展，规范艾滋病抗机会性感染和抗病毒治疗的诊疗工作，使更多的艾滋病病人能够纳入国家艾滋病抗病毒治疗关怀体系，卫生部2008年将我院列入国家艾滋病临床培训基地，培训基地按照国家卫生部的要求承担艾滋病临床专业区级师资及艾滋病高发地区业务骨干的培训任务。按照卫生部全国统一下发的培训通知，我院于2008年6月10日-8月8日举办了第一期艾滋病临床进修培训，培训学员8名，分别为吐鲁番地区、克拉玛依市、沙雅县、疏附县、英吉沙县、伊宁市、乌鲁木齐市艾滋病定点医院、综合医院的临床医生，培训采用理论授课、临床实习、床边教学、临床巡诊、病例讨论、考察调研等形式进行。理论授课包括学员集中授课和专题讲座，临床实习包括门诊（自治区传染病医院门诊、乌鲁木齐市六道湾门诊、伊宁市社区门诊实习）和病房实习。按照《卫生部艾滋病临床教学大纲》的要求，学员系统地从理论和临床实习中了解了国家有关艾滋病方面的政策及关怀框架，艾滋病机会性感染的治疗和预防用药等知识，基本掌握了抗病毒治疗的原则和抗病毒治疗后的随访及药物的毒副作用的处理，艾滋病抗病毒治疗的病人选择和依从性咨询，艾滋病的院内感染控制和医务人员职业暴露和防护。
    为保证教学质量，选派临床经验丰富的医师讲课，每次理论授课后组织学员填写针对教师授课的评价表和对授课的满意度，促进了授课老师和带教老师的责任心，保证了培训的质量。培训期间统一进行三次理论考核（培训前、培训中和结业考试），根据理论考核成绩和临床实习科主任鉴定意见，合格后发放“卫生部艾滋病临床进修培训合格证书”。培训结束后填报卫生部艾滋病临床进修培训学员数据库，并将课程安排、学员签到册、考勤表、考试成绩单、结业鉴定表、进修培训总结上报中国疾病预防控制中心性艾中心。